2005 yılında üst ihtisasını tamamlayarak, gastroenteroloji cerrahisi uzmanı unvanı almıştır. Aynı klinikte önce uzman olarak, daha sonra ise şef yardımcısı ve eğitim görevlisi olarak görev yapmıştır. 2010 yılında doçent olmuştur. 2013 yılında cerrahi onkoloji uzmanı unvanını da almıştır. Yüksek İhtisas Hastanesinde karaciğer nakli ekibinde de çalışan Dr. Özer, 2017 yılında Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Rektörlüğü tarafından organ nakli merkezi, gastroenteroloji cerrahisi ve cerrahi onkoloji kliniklerinin kurulması için davet edilmiş ve profesör unvanı alarak bu merkezde göreve başlamıştır. Eskişehir Osmangazi Üniversitesinde ekip arkadaşları ile birlikte organ nakli merkezi, karaciğer ve böbrek nakli programları ve genel cerrahi kliniği bünyesinde gastroenteroloji cerrahisi ve cerrahi onkoloji bilim dallarını kurmuştur. 2022’ye kadar Organ Nakli Merkezi Müdürlüğü, karaciğer nakli sorumlu cerrahı ve gastroenteroloji cerrahisi bilim dalı başkanı olarak görev yapmıştır. Çalıştığı merkezlerde çok sayıda kanser cerrahisi, karaciğer nakli ve ileri laparoskopik ameliyata imza atmıştır. 

Prof. Dr. İlter Özer Ege Üniversitesi ve İnönü Üniversitesinde karaciğer nakilleri alanında eğitim görmüştür. A.B.D. Cleveland Clinic‘de karaciğer, safra yolları, pankreas cerrahisi, karaciğer nakilleri ve robotik cerrahi alanlarında ‘observer’ olarak bulunmuştur. 

Dr. Özer başta mide kanseri ve kanser dışı mide cerrahisi, karaciğer, safra yolları ve pankreas cerrahisi olmak üzere gastrointestinal sistem cerrahisi alanında yoğunlaşmıştır. Bu alanda saygın ulusal ve uluslararası dergilerde çok sayıda makalesi mevcuttur. Ulusal ve uluslararası kongre ve toplantılarda da çok sayıda sunum yapmıştır. Bilimsel çalışmaları ve hizmetleri için çeşitli ödüller almıştır. Çok sayıda genel cerrahi asistanı, gastroenteroloji cerrahisi ve cerrahi onkoloji yan dal asistanı yetiştirmiştir. Cerrahlara yönelik ulusal ve uluslararası çok sayıda kurs ve toplantıda konuşmacı ve eğitici olarak görev yapmıştır.